宋朝统－全国后，邕州隶属广南西路，下辖宣化、武缘等7县，南宁仍为邕州和宣化县治所。
元朝至元十六年（1279），改邕州为邕州路，今南宁为路总管府治所，下辖宣化、武缘两县，并管左右两江溪桐。泰定元年（1324）为庆边疆之绥服，寓南疆安宁之意，改邕州路为南宁路。南宁得名，即始于此。
明朝洪武二年（1376），改南宁路为南宁府，今南宁为府治所。隶属广西布政使司。清朝时，改广西布政使司为广西省，省会设在今桂林市。南宁府此时隶属于广西省分巡左江道，所辖州、县基本沿袭明朝。南宁既为南宁府治又为左江道治和宣化县治。
清宣统三年九月（1911年），南宁宣布独立。民国元年（1912年）废宣化县，以南宁府长理事，直属广西军政府，后改称广西省政府。三次迁省：第一次迁省：1912年广西省会由桂林迁到南宁。第二次迁省：1936年广西省会由南宁迁回桂林。第三次迁省：1950年。1958年广西省改为广西壮族自治区，首府南宁。民国31年4月（1943年），原第八、第九区合并为第四行政区，行政督察专员公署设在南宁。建国前，南宁城分为兴宁、邕西、邕南、德邻、邕北、模范、宁武7镇（由原来的10个镇合并）。
上世纪30年代起，南宁就是广西省内仅次于梧州的第二大商业城市，商业中心的地位高于当时的省会桂林，也正是民国时期商业的繁荣，铸造了南宁作为一座中心城市的地位和影响力，即使当时还不是省会，但很多方面已经和桂林叫板，正是由于商业和交通的中心地位促成了南宁在近代迅速崛起，最终成为解放后广西省会的不二之选。
1949年12月4日，南宁解放。将南宁城及附近的16个自然村从邕宁县划出，成立直辖广西省的南宁市。1950年1月23日南宁市人民政府正式对外办公；2月初，南宁市郊扩大至21个自然村并设郊区工委（辖3个区）。1950年2月8日，广西省人民政府成立，省会设在南宁。1957年7月，第一届全国人民代表大会第四次会议通过决议，撤销广西省建制，成立广西壮族自治区。1958年3月5日，广西壮族自治区在南宁宣告成立，南宁为广西壮族自治区首府。1965年决定改憧族为壮族。
1958年－2002年，作为自治区首府的南宁市和南宁（专区）地区并存。2002年12月23日，批准撤销南宁地区设立地级崇左市，辖原南宁地区南部凭祥市和崇左、扶绥、大新、宁明、龙州等县。原南宁地区北部横县、马山、宾阳、隆安、上林四县划归南宁市。
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