不过，荷兰人为了垄断对日贸易，指使一些中国船只在中国沿海掠夺，郑一官也是和荷兰人合作的海贼之一，为荷兰人执行在台湾海峡上截击前去马尼拉的中国帆船的海盗任务。后来担任荷兰第二任台湾长官的德韦特，这时正在澎湖服务，他在一封信中写到：“经过雷约兹司令的批准，我们每天都期望能够在这里集中二、三十艘中国帆船，通事一官被派往北方去截击于俘获一些船只。”
同年夏秋之交，荷兰人在明军的压力下撤出澎湖，转移到台湾大员（今台南安平），在台湾建筑“热兰遮”和“赤嵌城”两个要塞，侵占了台湾南部地区。同年荷兰、西班牙两个殖民主义国家为了争夺台湾的统治权，发生战争，荷兰得胜，独占了整个台湾，这是历史上台湾第一次为外国人占领。
在随荷兰人在大员（今台南安平）立定足跟以后不久，郑一官就奉荷兰人之命率领几艘中国帆船袭击前去马尼拉与西班牙人通商的中国船只，直到第二年（1625年）的3月20日才回到大员。
明·天启五年（1625年）四、五月间，也许是在荷兰人手下没有太多的发展，或因奉义父李旦之命，郑一官离开荷兰人，开始亦商亦盗的海上生涯。1625年4月底，他已经带着手下活跃在台湾海峡了。一名荷兰船长曾经给第一任台湾长官宋克写信说：“（4月）27日，星期天，……突然首领一官，作为代表，后面跟着手执刀剑的铳手七、八名，向我们寒暄。”
两个月后，身为日本长崎、平户侨领的李旦向宋克长官请领了出航许可证，在7月从大员启程回到平户，但一个多月后，就在平户去世了。李旦死后，他在台湾的产业和事业都归郑一官所有，为郑一官合并当时台湾既有的其他汉人武装势力（主要在今云林北港地区），及从大陆招收新的势力到台，创造了条件。
郑芝龙集团在扫清海上障碍之后，“从此海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有二十倍之利。芝龙尽以海利交通朝贵，寖以大显。”
他利用泉州安平镇的航海和经商基地，打破官方的海禁，繁荣海市，武装船队旗帜鲜明，戈甲坚利，航行于中国沿海、台湾、澳门和日本、菲律宾等东南亚各地之间，充分利用自己的权势和财力，扩大海上贸易，几乎垄断了中国与海外诸国的贸易。郑芝龙“自就抚后，凡海舶不得郑氏令旗者，不能往来。每舶例入三千金，岁入千万计，芝龙以此富可敌国。自筑城于安平（今晋江安海），海舶可直通卧内，可泊船径达海。…八闽以郑氏为长城。”
他以强大的武装力量和雄厚的资本在国际市场上同荷兰、日本、南洋各国商贸公司竞争逐角，是官商结合、中国资本主义萌芽的代表人物。至南明隆武帝政权，也以郑氏海上力量为支柱，正如郑芝龙所说：“三关饷取之臣，臣取之海，无海即无家。”
郑芝龙从事海外贸易，主要是同日本通商。据荷兰东印度公司《巴达维亚城日志》与《平户荷兰馆日志》记录：崇祯四年（1631年）郑芝龙两艘商船从日本长崎载货物返航泉州安海。崇祯十二年（1639年）驶往长崎的郑芝龙商船多达数十艘。崇祯十三年（1640年）两艘郑芝龙商船满载黄白生丝及纱绫、绸缎等货物，运往日本。另据《长崎荷兰商船日志》记录，从1641～1643年（崇祯十四至十六年）间，郑芝龙运载大量生丝、各类纺织品、黑白砂糖及麝香、土茯等药物，运往日本，颇受欢迎。
【结束语】1625郑芝龙结合诸海盗首领，号称十八芝，拥有当时福建沿海实力最强大的一支武力及商业团队，领导海贼数万人，经营走私与劫掠事业，横行于台湾海峡。同年8月2日，李旦正办好厦门、长崎、及台湾贸易，从台湾回平户途中去世，其台湾的产业和士卒转归郑芝龙控制，而于厦门的则落入许心素的手里。郑芝龙自立门户，并改名为芝龙，不再称一官。
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