由于强攻不下，加之大军粮食短缺，使得郑成功被迫改变策略，派出大部分的军队至南北各地屯田、征收钱粮，以解大军乏粮的燃眉之急，对热兰遮城改采长期包围的战略。
1661年（清顺治十八年，永历十五年）五月初五，郑成功改赤崁为“东都明京”，设承天府及天兴、万年二县。敌军守将描难丁战败投降。于是成功留部将杨朝栋守赤嵌楼，亲自率军乘胜进攻赤嵌城（荷兰殖民者在台南建筑的“王城”）。
郑成功写了一封信给荷兰殖民头目台湾总督揆一，要他投降。信中有这样几句话：“然台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也。……今予既来索，则地当归我。”明确地指出中国人民收复失地是不可磨灭的真理。
然而侵略成性的揆一，仍然企图据险顽抗，成功命令大军把赤嵌城严密包围起来，发炮向城里进攻。赤嵌城附近的高山族人民都来欢迎和援助郑成功，城里的汉人也给郑成功传递消息，殖民者的命运完全控制在郑成功的手中了。
赤嵌城被围困了七个多月，敌军官兵死伤一千六百多人，最后敌军水源被我切断，揆一黔驴技穷，只好扯起白旗，宣告投降。荷兰殖民者在死亡之前，依然企图进行绝望的挣扎。
1661年（清顺治十八年，永历十五年）七月，荷兰从巴达维亚调遣的援军抵达大员，除了六百多名士兵、十一艘军舰以外，增援部队亦为热兰遮城带来大量补给品与火药。时郑成功的军力仍分散台湾各地实行任务，驻守于大员以及普罗民遮城市镇的军力预估不到三千，遂使荷兰军重新燃起反扑的希望。
七月中旬，停泊于外海的荷兰援军遭遇强风侵袭，被迫离开大员海岸，前往澎湖躲避风雨；其中荷兰军舰Urck号不幸搁浅，船上人员皆遭郑军俘虏。此一变故，使郑军获得整备的暂机，待荷兰军舰于八月回到大员海域时，郑军虽未能调回多数兵力，却已然完成作战的准备。
八月中旬，荷、郑两军于台江内海展开激烈海战，郑军大获全胜，击沉一艘荷兰军舰，并夺取船只数艘，自此荷军丧失主动出击的能力。十二月，日耳曼裔荷兰士官叛逃，郑成功在其提供之情报的帮助下，炮轰击毁热兰遮城的乌特勒支碉堡，使热兰遮城之破终成定局。十二月初八，荷兰大员长官揆一修书予郑成功，表示同意“和谈”。
敌人在投降条约上签了字。在十二月二十日向郑成功屈服，揆一率领残敌五百人狼狈退出我国领土台湾。沦陷了三十几年的台湾，从此重又回到祖国的怀抱。
【结束语】郑成功无疑是中国的民族英雄，但是世人对他的评价则是褒贬不一，可能郑成功也有一些过错之处但人非圣贤，孰能无过呢！也不能因为它的过错而否定了他的功绩吧！
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