丛林通常指禅宗寺院而言，故亦称禅林，但后世教、律等各宗寺院也有仿照禅林制度而称丛林的。中国禅宗从曹溪慧能后，四传至于怀海，百余年间禅徒只以道相授受，多岩居穴处，或寄住律宗寺院。到了唐贞元、元和间(785-806)，禅宗日盛，宗匠常聚徒多人于一处，修禅办道。江西奉新百丈山怀海以禅众聚处，尊卑不分，于说法住持，未合规制，于是折衷大小乘经律，创意别立禅居，此即丛林之始。丛林的意义，旧说是取喻草木之不乱生乱长，表示其中有规矩法度云(《禅林宝训音义》)。
丛林规模开始不大，到唐末五代之间，南方有发展。如洪諲住浙江径山，道膺住江西云居山，僧众多至千数；义存住福州雪峰，冬夏禅徒更不减一千五百人(《宋高僧传》卷十二)。入宋，丛林建置益臻完备，禅众亦以集中居住为常，凡名德住持的丛林，都有千人以上。如宋太祖建隆二年(961)，延寿自杭州灵隐移住同地永明寺(今净慈寺)，学侣多至二千(《景德传灯录》卷二十六)。
北方丛林，亦始盛于宋代。仁宗皇佑元年(1049)，内侍李允宁施住宅创兴禅席，仁宗给与寺额为十方净因禅院。庐山圆通寺怀琏应命为住持，禅道大弘于汴京。神宗元丰五年(1082)，又命京师(今开封)大相国寺，创立慧林、智海二大禅院，后都成为京师有名的禅林。至徽宗崇宁二年(1103)，宗赜集《禅苑清规》时，丛林制度已灿然大备。宋室南渡以后，禅宗名僧辈出，所居丛林，皆极一时之盛。如克勤所住江西云居山、宗杲所住浙江径山、正觉所住泗州普照寺及明州天童寺，清了所住真州长芦崇福寺等，其住众常至千人以上。史弥远因而请定江南禅寺为五山十刹(余杭径山、杭州灵隐、净慈、宁波天童、育王等寺为禅院五山。杭州中天竺、湖州道场、温州江心、金华双林、宁波雪窦、台州国清、福州雪峰、建康灵谷、苏州万寿、虎丘等寺为禅院十刹。见《七修类稿》)，俾拾级而登，于是丛林制度遂遍行于江南，迄后世不衰。
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