鼓浪屿的初步繁荣
明末清初至鸦片战争前夕鼓浪屿的初步繁荣：明末清初，民族英雄郑成功据金门、厦门两岛为根据地抗击南下的清军，并于此操练水师，率兵东征，驱逐荷兰侵略者，收复台湾。鼓浪屿是郑成功最初的根据地。《南疆绎史》等文献记载，郑成功在南安故里焚青衣起兵后，“与所厚陈辉等90余人第一旅遁入金门，随往南澳收集余众，得数千”，随之“移屯鼓浪屿”，时在隆武二年（1646年）。
郑氏起师伊始，军费拮据，处境困难。恰好有一艘郑家的商船从日本开来停泊在鼓浪屿，郑成功遂将这艘商船带来的10万两银子用来募兵和购制军械。接着在鼓浪屿日光岩等要地屯营扎寨，设水操台练兵，并积极从鼓浪屿引兵配合闽南抗清力量，在泉州、同安、海澄一带抗击清军。直到永历四年（1650年），郑成功计夺厦门岛，兼并郑彩、郑联的军队，始形成包括鼓浪屿在内的金、厦抗清根据地。郑成功率师驻鼓浪屿前后四年。清代开放厦门港口和台湾的对渡。
英军占据鼓浪屿
18世纪后半叶，随着资本主义的发展，西方殖民者不断向外争夺商品市场和原料供应地，封闭的旧中国成为它们的一个侵略目标。厦门是清代中国东南沿海重要的航运贸易中心，早为西方殖民者所垂涎，并被列为用武力侵占和被迫通商的主要目标之一。道光十二年（1832年）英国东印度公司派遣胡夏米（H·H·Lindsay）等人乘坐武装商船前往包括厦门在内的中国东南沿海进行侦察。事后，胡夏米向英国外交大臣建议，如果对中国发动侵略战争，一定要封锁并占领厦门。英国当局在制定侵华战争计划的过程中，也一再提到厦门，把侵略的矛头指向厦门。
英国侵略者极力用鸦片来打开中国的大门。为保护贩卖毒品的可耻勾当，它们加紧攫取在华的种种特权。1840年06月03日，英国发动了侵略中国的鸦片战争。战争伊始，英军便多次派遣兵船闯入闽粤海面窥探和挑衅。当时领导福建沿海抗英斗争的是闽浙总督邓廷桢。邓廷桢是一位爱国的抵抗派代表人物。由于邓廷桢积极备战，加强了防御力量，加上厦门军民同仇敌忾，英勇杀敌，英军于1840年07月02日和8月21日以及接连几天的武装侵略，均遭到厦门军民的迎头痛击，以失败告终。
英舰退出厦门后，继续北上，用武力恫吓清政府。清朝统治者见势不妙，遂采取妥协态度，在福建方面调颜伯焘接任闽浙总督，同时下令“撤兵省费”。1841年8月，英国侵略者再次派遣侵华全权代表璞鼎查（H·Pottinger）亲率强大的舰队直攻厦门，狂妄地要求清政府地方当局“放弃城池及厦门之一切堡垒”。在当年8月2日激烈的炮战中，虽然厦门守军击中数艘英军兵船，无奈寡不敌众，金门镇总兵江继芸和部下官兵坚守阵地，同敌人血战到底，最后全部壮烈殉国。厦门和鼓浪屿同时陷入敌手。
鼓浪屿沦为殖民地
鸦片战争之后的20年间，外国列强势力对厦门和鼓浪屿的侵略已全面展开，且迅速地扩展和深化。在此期间，西班牙、荷兰、挪威、法国继英、美两国之后，也在厦门设立领事并在鼓浪屿建造领事馆。外国洋行和公司越办越多，外国商人不满足于通过转手投机买卖攫取暴利，开始在厦门创办工厂企业，直接利用当地的资源。英商厦门船坞公司和设在鼓浪屿的英商厦门机器工程公司就是其中较大的外国公司。
为了进一步操纵中国的市场，外国势力培植了一批买办为它们效劳。航运公司、银行、电报局也同时相继兴办起来。紧跟在美国归正教会后面，伦敦差会于1844年在鼓浪屿成立教会，大英长老会也于1850年在鼓浪屿扎住脚跟。
1848年，美国归正教会的“中华第一圣堂”建造在厦门新街仔。15年后，英国教会也在鼓浪屿建造了专供外国人祈祷的“协和礼拜堂”（在今第一医院内）。一批培养中国牧师、传道士的“圣道学教”，宣传宗教的教会学校在厦门，特别是在鼓浪屿，如雨后春笋般地冒了出来。为了进一步掌握东南门户一一厦门的经济命脉，控制厦门海关和港口管理大权被视为关键的措施。
1862年3月30日，外国列强根据《天津条约》的附约《通商章程善后条约》，在厦门设立海关税务司。同年，设立厦门口理船厅。清初以来就已存在的中国海关变“常关”，被降作对内航运贸易的关卡。到了1901年，根据《辛丑条约》，连这一点点权利都被剥夺掉。海关税务司和厦门口理船厅的设立，使清政府丧失了厦门海关和港务的管理大权，厦门从此进一步落入半殖民地的深渊。奥地利、德国、日本等国看到厦门门户大开，有利可图，赶紧蜂拥而入。德国和日本甚至有后来居上之势。1862年以后，列强势力越发强大。
1870年海关税务司休士（GeorgeHughes）统计厦门有洋行14家，其中英国7家，印度3家，德国2家，美国和英属新加坡各1家。1882年，副税务司劳思（W·B·Russell）统计，洋行已增至23家。
太平洋战争爆发后，日军独占了鼓浪屿，直至我国抗战胜利。1949年10月17日，鼓浪屿地区解放。
2003年，撤销行政区，大幅减少政府编制，节约行政开支，促进社会发展，降低施政成本，合并于厦门市思明区。区划调整后，鼓浪屿—万石植物园风景名胜区将管辖10个著名风景区，陆地和海域面积达到245平方公里。
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